小耳畸形的病因目前還不完全明確，環境和遺傳因素是目前小耳畸形病因研究的重點。先天性小耳畸形在基因突變致病性研究方面還沒有闡明小耳畸形胚胎發育的機制。小耳畸形主要涉及胚胎發育期間第一和第二鰓弓的異常，主要表型涉及外耳發育異常。外耳的耳廓是由第一和第二鰓弓的逐漸融合形成的，在發育過程中第一和第二鰓弓之間是相互作用，兩弓之間的凹槽加深，形成外耳道，從胚胎的起源來分析，外耳的發育至少在一定程度上是由第一和第二鰓弓通過后腦的部分區域來介導的，后腦是鰓弓的神經嵴細胞的來源，在后腦的第四段基因突變可以導致外耳的發育缺陷。

小耳畸形主要是指外耳的先天發育性結構異常，其嚴重程度主要表現為從輕度結構異常到完全性耳廓缺失，并且可伴有外耳道狹窄和外耳道閉鎖等一系列先天性外耳異常，輕者耳廓略小于正常， 畸形嚴重者耳廓全部消失， 絕大多數患者僅遺留花生狀或貝殼狀的殘耳組織。同時一些小耳畸形患者也常合并顱面部畸形，中耳及半側顏面骨及軟組織發育不良等。

Prkra 小耳小鼠屬于自發性突變,純合型小鼠在2 周齡時即可見耳廓較小,身長尺寸比正常稍小。純合型小鼠生長速度比雜合型或野生型同窩小鼠慢,成熟后不能生育,所以該品系主要靠雜合子與雜合子交配來繁育,獲得實驗所需的純合型小鼠。Prkra 小耳小鼠突變位點為在2 號染色體76、643、218 bp(GRCm38)上的G向A 的突變轉換,位于第3 外顯子之后,這可能會影響前體pre-mRNA 的剪接。